性能上其实都旗鼓相当，用的都是目前最高的骁龙865处理器以及ufs3.1闪存，不同的是iQOO3运用LPDDR5运存，但实际运行上和iQOONeo3还是差不多的。都是实力强悍。
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外观设计方面来看，两款机型均采用单挖孔的全面屏方案，背部是竖排矩阵式相机方案，但两款机型的尺寸并不相同，iQOO Neo3相较iQOO 3更加轻薄，前者的整机厚度控制在8.93mm，重量大约198.9g，虽然这样的规格在当下市场中并不算轻薄，但与iQOO 3的9.16mm厚度和214.5g重量相比，还是有优势的，不过iQOO 3的优势在于前置镜头的挖孔孔径要比iQOO Neo3更小。

拍照方面，iQOO Neo3和iQOO 3的正面均配备1600万像素自拍镜头，前者背部的竖向排列相机部分包括4800万像素超清主摄镜头、800万像素的超广角镜头以及200万像素的微距镜头，后者的主摄与iQOO Neo3一致，此外配备1300万像素超广角镜头、1300万像素人像镜头以及200万像素的景深辅助镜头。
续航上也是旗鼓相当。iQOO3采用4440毫安电池+55W闪充方案，而iQOONeo3采用4500毫安电池+44W闪充。实际相比iQOO3会好一些，但电池容量差异没过百，续航没明显的差异感。