传染病模型

   日期:2020-05-02     浏览:134    评论:0    
核心提示:参考:https://www.zhihu.com/question/367466399?from=g

参考:https://www.zhihu.com/question/367466399?from=groupmessage
假定人群分为4种,分别是:

  • SUSCEPTIBLES:易感者,潜在的可感染人群。
  • EXPOSED:潜伏者,已经被感染没有表现出来的人群。
  • INFECTIVES:感染者,已经表现出感染症状的人
  • RESISTANCES:抵抗者,感染者痊愈后获得抗性的人。
  • 有些时候可以把R解释成恢复者,但实际上如果是致死性疾病,死者也算进这一项里,因为死者妥善处理之后无法被感染,也无法感染别人,和恢复者是一样的。

假设在某时刻t上,易感者为S(t),感染者为:I(t),康复者(有抗体)为R(t)。
那麽在时刻t,总人口数为N(t)=S(t)+I(t)+R(t)。如果暂时不考虑人口的增加和死亡的情况,那么N(t)=N是一个恒定的值。
除此之外:

  • r r r表示在单位时间内感染者接触到的易感者人数;
  • 传染率: β \beta β表示感染者接触到易感者之后,易感者得病的概率;
  • 康复率: γ \gamma γ表示感染者康复的概率,有可能变成易感者S(可再感染),也有可能变成康复者R(不再感染)。

预备知识:
假设 x = x ( t ) x=x(t) x=x(t)是关于 t t t的一个方程,且满足 d x d t + a 1 x + a 2 x 2 = 0 \frac{dx}{dt}+a_1x+a_2x^2=0 dtdx+a1x+a2x2=0 x ( 0 ) = x 0 x(0)=x_0 x(0)=x0,那么它的解为:
x ( t ) = e − a 1 t 1 x 0 − a 2 a 1 ( e − a 1 t − 1 ) x(t)=\frac{e^{-a_1t}}{\frac{1}{x_0}-\frac{a_2}{a_1}(e^{-a_1t}-1)} x(t)=x01a1a2(ea1t1)ea1t

四类传染病模型:

  • 艾滋传染模型 SI
  • 普通流感模型 SIS
  • 急性传染病模型 SIR 及其拓展模型 SIRS
  • 带潜伏期的恶性传染病模型 SEIR

SI模型

在 SI 模型里面,只考虑了易感者和感染者,并且感染者不能够恢复,此类病症有 HIV 等;
由于艾滋传染之后不可治愈,所以该模型为:易感染者被感染。

假定:总人口数为N(t)=S(t)+I(t),疾病流行期间,人口的出生率和自然死亡率分别为 μ \mu μ ν \nu ν,不考虑因病死亡,新增人都是易感染者,感染人数为 β S I N \frac{\beta SI}{N} NβSI

用微分方程的式子表达
{ d S d t = − r β I N S d I d t = r β I N S \left\{\begin{matrix} \frac{dS}{dt}=-\frac{r\beta I}{N}S\\ \frac{dI}{dt}=\frac{r\beta I}{N}S \end{matrix}\right. {dtdS=NrβISdtdI=NrβIS
初始条件是 S ( t ) = S 0 , I ( 0 ) = I 0 S(t)=S_0,I(0)=I_0 S(t)=S0,I(0)=I0,并且 N ( t ) = S ( t ) + I ( t ) N(t)=S(t)+I(t) N(t)=S(t)+I(t)对于所有的 t ≥ 0 t\geq 0 t0都成立。
于是,把 S = N − I S=N-I S=NI代入第二个微分方程中,最后常微分方程的解为:
I ( t ) = N I 0 I 0 + ( N − I 0 ) e − r β t I(t)=\frac{NI_0}{I_0+(N-I_0)e^{-r\beta t}} I(t)=I0+(NI0)erβtNI0
这就是所谓的逻辑回归函数,而在机器学习领域,最简单的逻辑回归函数为 σ ( x ) = 1 1 + e − x \sigma (x)=\frac{1}{1+e^{-x}} σ(x)=1+ex1,而 I ( t ) I(t) I(t)只是做了一些坐标轴的平移和压缩而已。由于 l i m t → + ∞ e − t = 0 lim_{t\rightarrow +\infty }e^{-t}=0 limt+et=0,所以 l i m t → + ∞ I ( t ) = N lim_{t\rightarrow +\infty }I(t)=N limt+I(t)=N,从而 l i m t → + ∞ S ( t ) = 0 lim_{t\rightarrow +\infty }S(t)=0 limt+S(t)=0
通过数值模拟可以进一步知道:

此处最好的办法应该是用拟和优化。
简单来看,再SI模型下,最后全部的人群都会被感染。

SIS模型

除了 HIV 这种比较严重的病之外,还有很多小病是可以恢复并且反复感染的,例如日常的感冒,发烧等。在这种情况下,感染者就有一定的几率重新转化成易感者。如下图所示:
其微分方程就是:
{ d S d t = − r β S I N + γ I d I d t = r β S I N − γ I \left\{\begin{matrix} \frac{dS}{dt}=-\frac{r\beta SI}{N}+\gamma I\\ \frac{dI}{dt}=\frac{r\beta SI}{N}-\gamma I \end{matrix}\right. {dtdS=NrβSI+γIdtdI=NrβSIγI其初始条件为 S ( 0 ) = S 0 , I ( 0 ) = I 0 S(0)=S_0,I(0)=I_0 S(0)=S0,I(0)=I0
是用同样的办法,把 S = N − I S=N-I S=NI导入第二个微分方程。最后得到的最终解为

从而也得到 l i m t → + ∞ I ( t ) = N ( r β − γ ) r β lim_{t\rightarrow +\infty }I(t)=\frac{N(r\beta -\gamma )}{r\beta } limt+I(t)=rβN(rβγ),且 l i m t → + ∞ S ( t ) = N γ r β lim_{t\rightarrow +\infty }S(t)=\frac{N\gamma }{r\beta } limt+S(t)=rβNγ,这个方程同样也是逻辑回归方程,只是它的渐近线与之前的SI模型有所不同。

SIR模型

有的时候,感染者在康复之后,就有了抗体,于是后续就不会再获得此类病症,这种时候,考虑SIS模型就不再合适了,需要考虑SIR模型。此类病症有麻疹,腮腺炎,风疹等。
其微分方程是:
{ d S d t = − r β S I N d I d t = r β S I N − γ I d R d t = γ I \left\{\begin{matrix} \frac{dS}{dt}=-\frac{r\beta SI}{N}\\ \frac{dI}{dt}=\frac{r\beta SI}{N}-\gamma I\\ \frac{dR}{dt}=\gamma I \end{matrix}\right. dtdS=NrβSIdtdI=NrβSIγIdtdR=γI
其初始条件是 S ( 0 ) = S 0 , I ( 0 ) = I 0 , R ( 0 ) = R 0 S(0)=S_0,I(0)=I_0,R(0)=R_0 S(0)=S0,I(0)=I0,R(0)=R0,并且 S ( t ) , I ( t ) , R ( t ) ≥ 0 S(t),I(t),R(t)\geq 0 S(t),I(t),R(t)0 S ( t ) + I ( t ) + R ( t ) = N S(t)+I(t)+R(t)=N S(t)+I(t)+R(t)=N对于所有的 t ≥ 0 t\geq 0 t0都成立。

对于这类方程,就不能够得到其解析解了,只能够从它的动力系统开始进行分析,得到解的信息。根据第一个微分方程可以得到 d S d t = − r β S I N < 0 \frac{dS}{dt}=-\frac{r\beta SI}{N}<0 dtdS=NrβSI<0 ,于是 S ( t ) S(t) S(t) 是一个严格递减函数,同时, 0 ≤ S ( t ) ≤ N 0\leq S(t)\leq N 0S(t)N 对于所有的 t ≥ 0 t\geq 0 t0 都成立,于是存在 S ∞ ∈ [ 0 , + ∞ ] S_\infty \in [0,+\infty ] S[0,+],使得 l i m t → + ∞ S ( t ) = S ∞ lim_{t\rightarrow +\infty }S(t)=S_\infty limt+S(t)=S
通过第一个微分方程和第二个微分方程可以得到: d ( S + I ) d t = − γ I \frac{d(S+I)}{dt}=-\gamma I dtd(S+I)=γI,因此对它两边积分得到
由于 S ( t ) S(t) S(t)是严格单调递减函数,因此从第二个微分方程可以得到:当 S ( t ) = N γ r β S(t)=\frac{N\gamma}{r\beta} S(t)=rβNγ时,感染人数 I ( t ) I(t) I(t)达到最大值。

SEIR模型

注意此处的SEIR模型加入了扰动因子v,前面三种模型也可以加入扰动因子,加入扰动因子的模型往往更合理。
原因:就拿SEIR模型来说,
它不是万能的,总有一些异常状况,如有的人潜伏期短,有的人潜伏期长,还可能有超级感染者,有的潜伏者可能就直接痊愈了,变成了抵抗者。方程并没有单独处理这些情况,因为一定程度内这些异类都可以被扰动因子所包含。研究一个固定的模型加扰动项,比不断地往模型里加扰动项好研究的多。

通过对 SEIR 模型的研究, 可以预测一个封闭地区疫情的爆发情况, 最大峰值, 感染人数等等

但是显然没有任何地区是封闭的, 所以就要把各个地区看成图的节点, 地区之间的流动可以由马尔可夫转移所刻画, 对每个结点单独跑 SEIR 模型.

最后整个仿真模型就可以比较准确的反应疫情的散播和爆发情况

当然可以再加入更多的决策因素。

 
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